当牙齿上的菌斑与食物中的糖反应时，会造成齿釉质的脱矿。如果不及时清洁，细菌可以进一步侵蚀牙齿，导致齿髓的感染，牙齿最终会变黑。坏死的牙髓会导致细菌感染，使牙齿变黑。这是因为在治疗过程中，牙齿内部的血管和神经被清除，可能导致牙齿颜色变化。若智齿的牙根发黑，可能是由于上述原因所致。
牙根发黑可能有几种可能的原因，其中包括以下几种情况：
1. 龋齿：龋齿是最常见的原因之一。当牙齿上的菌斑与食物中的糖反应时，会造成齿釉质的脱矿。如果不及时清洁，细菌可以进一步侵蚀牙齿，导致齿髓的感染，牙齿最终会变黑。
2. 牙髓坏死：当牙齿的神经和血管受到严重感染或损伤时，牙髓可能会坏死。坏死的牙髓会导致细菌感染，使牙齿变黑。
3. 早期创伤：牙齿受到剧烈撞击或外力冲击时，可能会导致牙髓和血管受损。这些损伤可能会引发髓炎和牙本质破坏，导致牙齿颜色变黑。
4. 口腔医疗治疗：牙髓治疗或根管治疗后，可能会导致牙齿颜色变暗。这是因为在治疗过程中，牙齿内部的血管和神经被清除，可能导致牙齿颜色变化。
5. 药物使用：某些药物，如二氢化氯霉素等，可能导致牙齿变黑。
若智齿的牙根发黑，可能是由于上述原因所致。建议你咨询牙医进行临床检查和评估，以了解具体情况，并确定是否需要进一步的治疗。